События игры происходят примерно за 50 лет до событий первой части. В 1900 году Америка, находясь на высоком технологическом развитии, построила большой летающий город, Колумбию, который должен был стать гордостью американской нации и большим чудом среди человеческих изобретений. Однако, через некоторое время, в городе произошло восстание, Колумбия вышла из под контроля и исчезла из поля зрения.